Анализ данных геномного секвенирования
- исследуются различные математические модели сборки генома
- оценивается вычислительная сложность возникающих в этой области задач
- разрабатываются применимые на практике алгоритмы сборки генома
При изучении генома живого существа выделяют три основных этапа:
- секвенирование молекул ДНК, содержащих информацию о генома
- сборка геномной последовательности
- анализ и сравнение геномов
На рисунке показана схема выполнения первых двух из указанных этапов
Изучение генома человека и других живых существ имеет важное прикладное значение. На основании результатов сборки генома конкретного человека возможна реализация индивидуальной медицины – определения предрасположенности к различным болезням, создание индивидуальных лекарств и т. д. Кроме этого на основе результатов исследования геномов растений и животных с использованием методов биоинженерии могут быть выведены новые их виды, обладающие определенными свойствами.
Анализ данных экспрессии генов
- разрабатываются алгоритмы анализа данных, получаемых с помощью специальных чипов
- анализ данных является одним из этапов разработки экономичных тест-систем для выявления различных заболеваний
Интеграция различных источников биологической информации
- разрабатываются методы и алгоритмы, которые позволяют учитывать несколько видов биологической информации при анализе одного и того же процесса, происходящего в клетке организма.
- например, совместно с Washington University St. Louis реализуется проект по разработке алгоритмов совместного анализа данных об экспрессии генов и об обмене веществ